次氯酸钠消毒原理，主要通过水解后生成的次氯酸起作用。次氯酸具有极强的氧化性，使菌体和病毒的蛋白质变性，从而使病原微生物致死。从消毒原理上看，次氯酸钠消毒与氯气消毒原理相同。
根据测定，次氯酸钠的水解受pH值的影响，当pH值超过9.5时不利于次氯酸的生成。但绝大多数水质的pH值在6.0～8.5之间，一般情况下，浓度小于10μg/L的次氯酸钠在水中几乎可以完全水解成次氯酸。次氯酸钠水解的化学方程式如下：
次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，可渗透入菌（病毒）体内与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等发生氧化反应，从而杀死病原微生物。在次氯酸作用的同时，水中氯离子也能显著改变菌（病毒）体的渗透压，并使其丧失活性而死亡。
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